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La conquista española de la península de Yucatán terminó el 23 de enero de 1541 con la rendición en T-Ho (Mérida) y de los principales cacicazgos existentes en la zona.
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de 1546 a 1548, empezaron a llegar los primeros religiosos católicos a la península , con el propósito de emprender la conquista espiritual de los pobladores mayas.
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Acordaron con España tratados que les permitieron establecerse en la costa sur-oriental de la península de Yucatán (lo que posteriormente originaría a Belice) para explotar las maderas preciosas y el chicle.
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En el poblado de Tepich inició la guerra de castas que habría de durar por más de 55 años, teniendo en sus relaciones con la colonia inglesa de Belice la forma de recibir mercancías y armas a cambio de maderas preciosas y palo de tinte.
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La frontera con Belice se hallaba desguarnecida debido a las constantes luchas entre indígenas y mestizos-españoles (por el inicio de la Guerra de Castas).
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Los gobiernos de México e Inglaterra firmaron el Tratado de Límites Mariscal-Spencer, a través del cual se cedieron a éste último 22,810 kilómetros cuadrados de territorio, así como la salida al mar por la Bahía de Chetumal.
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La imprecisa fijación de la frontera motivó al presidente Porfirio Díaz, en 1898 enviar al teniente Othón P. Blanco, al mando del Pontón de Chetumal, para hacer respetar la línea fronteriza e impedir el tráfico de armas hacia México, e iniciar el poblamiento de la zona.
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Estableciendo el pontón “Chetumal” en calidad de aduana marítima, con el fin de acabar con el contrabando de goma y maderas preciosas
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Junto con algunos mexicanos que regresaron de Honduras Británicas, descendientes mexicanos que se habían refugiado ahí con motivo de la Guerra de Castas, a los que se les unió un grupo de vecinos de Río Hondo, Juan Luis, Calderitas y Bacalar, se declaró oficialmente la fundación de la localidad de Payo Obispo(Chetumal)y en el transcurso de ese mes se inició el trazo de la localidad.
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La mayoría de los habitantes de Payo Obispo se trasladó a Bacalar buscando la protección de las tropas federales que recientemente habían recuperado dicha localidad.