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La OMA comenzó en 1947, año en el cual los trece Gobiernos representados en el Comité de cooperación económica europea acordaron crear un Grupo de estudio.
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En 1948, el Grupo de estudio creó dos comités, uno económico y el otro aduanero.
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entró en vigor la Convención que establece formalmente el CCA. La sesión inaugural del Consejo, órgano rector del CCA, fue celebrada en Bruselas, el 26 de enero de 1953.
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En junio de 1999, el Consejo aprobó la Convención internacional revisada para la simplificación y armonización de los regímenes aduaneros
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El desarrollo e introducción del Sistema de Codificación y Descripción del Sistema Armonizado el cual es utilizado alrededor del mundo como base para la clasificación de las mercancías, aprobado mediante el Convenio Internacional del Sistema Armonizado de Designación y Codificación de Mercancías, puesto en aplicación por parte de Bolivia mediante Ley de la República N º 2452
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El mantenimiento de este sistema, es uno de los mandatos fundamentales de la OMA, para ello existe dentro de la organización un Comité del Sistema Armonizado (la última entró en vigor el 1 de enero de 2007).Estas modificaciones toman en cuenta los cambios de tecnología y las últimas tendencias en comercio internacional.