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Los Salesianos llegaron a Mosquera en 1903, fundaron casa de formación, colegio y parroquia.
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En 1930 se constituyó canónicamente la Parroquia de María Auxiliadora, fundada por el padre Miguel Muler.
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Se comenzó a reconstruir el 8 de Diciembre de 1943, ceremonia que presidió Monseñor Julio Caicedo, Obispo de Cali.
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Se terminó de construir en el año de 1950. El arquitecto español Salesiano, Constantino de Castro, proyectó los planos en estilo románico.
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Inaugurada en 1951 por Monseñor Crisanto Luque. El Templo tiene tres naves de cincuenta metros de longitud por veinte de ancho, dieciséis metros de alto en la parte central y ocho en las laterales, las torres tienen treinta y seis metros de altura.
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Se realizó algunos arreglos de la infraestructura interna de la Parroquia.
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Actualmente este Templo conserva un gran reloj de seis caras, fabricado en los Talleres Salesianos del Colegio León XIII, de Bogotá, un órgano hammond, un juego de campanas de vuelo fundida en bronce en Bassano del Grappa por la Empresa Colvachini, Italia y armónicamente afinadas.