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Pablo Morillo convirtió el claustro en una cárcel pública
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Después de la muerte de Santander utilizaron como cuartel militar la parte baja del claustro
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Los radicales atacaron el gobierno conservador y por este conflicto expropiaron el claustro y lo utilizaron como cárcel
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El claustro fue transformado en colegio militar con la victoria de los radicales
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Fue un conflicto entre liberales y conservadores, es una de las guerras civiles más destacadas en la historia de Colombia y el claustro fue usado como cuartel militar
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Después de la guerra de los mil días la instituciones tuvo varios cambios, después de la reconstrucción la facultad de jurisprudencia retomó la autonomía por parte del colegio
