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En marzo de 1517, desembarcó en Cabo Catoche la expedición encabezada por Don Francisco Hernández de Córdova. Lo que significó el descubrimiento de lo que hoy conocemos como la Península de Yucatán
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Para el 18 de diciembre de 1526, apenas nueve años después del descubrimiento del territorio yucateco, se firma en Granada, España, la capitulación de la conquista de Yucatán, para después nombrar a Francisco de Montejo como Adelantado de Yucatán.
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Durante la tercera expedición de la conquista de estas tierras, el 6 de enero de 1542, Francisco de Montejo el Mozo funda la ciudad de Mérida, de igual nombre que la andaluza ciudad española.
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En sus orígenes, el territorio yucateco dependía y era regulado a través de la Audiencia de los Confines, ubicada en el territorio de lo que actualmente es Guatemala. Sin embargo, el 9 de enero de 1560 se decreta la Real Cédula mediante la cual Yucatán pasa a depender totalmente de la Audiencia de México.
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El 30 de julio de 1847, da inicio uno de los conflictos con mayor resonancia en la historia de esta entidad, la “Guerra de Castas” que consistió en la rebelión de los indígenas mayas en contra de las familias de mestizos y “blancos”.