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Se decidió construir un mercado permanente en los terrenos del antiguo Convento de la Merced.
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Se decidió ubicar al mercado bajo un mismo techo y se construyeron los edificios en los terrenos del antiguo monasterio. Se construyeron los primeros edificios permanentes.
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En 1988, un puesto que vendía fuegos artificiales explotó en la Merced, y murieron 61 personas.
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Un incendio destruyó dos terceras partes de la sala principal del mercado, junto con 572 puestos de venta de zapatos, chiles secos, frutas, verduras y piñatas. No hubo muertos o heridos y se sospechó que la causa fue el cableado defectuoso.
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La madrugada del 27 de febrero de 2013, otro incendio destruyó más de 7,000 metros —alrededor del 70%— de la nave mayor. A pesar de que afectó a 2000 locales, solamente causó daños materiales.
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Comenzaron los trabajos de construcción de lo que será la nueva nave mayor del mercado de La Merced, en el Centro Histórico de la Ciudad de México.
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El 25 de enero de 2014, por causas similares,16 se incendió de nuevo el mercado, esta vez quedaron destruidos alrededor de 400 puestos y 16 personas resultaron intoxicadas.
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El 24 de diciembre de 2019, a las 08:52 hrs se informaba de un leve incendio en la zona de Flores.
