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Tras la invasión española se producirá una sangrienta resistencia andina desde 1532 hasta 1572 en su primera fase, llamada resistencia militar
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Las primeras ciudades fueron. Piura en 1532, Cusco en 1534, Lima se fundó como nueva capital el 18 de enero de 1535, Trujillo en 1535, Chachapoyas en 1538, Huamanga en 1539 y Arequipa en 1540.
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Este proceso de resistencia se inició intensamente luego de la ejecución de Atahualpa, fue liderada por los panacas que respaldaban a atahualpa
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Este proceso de resistencia se inició intensamente luego de la ejecución de Atahualpa en 1533
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Manco inca se presenta ante pizarro en Cusco. Los españoles vieron a Manco inca con un nuevo títere y que los llevaría a la capital imperial. El 15 de Noviembre de ese mismo año, los españoles ingresaron a la capital del Tahuantinsuyo, por el cerro Camerca.
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En 1533, los españoles partieron al Cusco con el apoyo de cientos de nativos, tallanes y esclavos negros. Por otra parte los Atahualpistas seguían las acciones de Pizarro y sus aliados.
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Pizarro y sus huéspedes se retiraron de la costa, donde fundaron lima como capital, dejaron el Cusco a manos de los hermanos Pizarro.
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Se inició la resistencia de manco inca, que es de la panaca Huascar y que fue respaldado por algunos panacas tanto Hurin como Hanan.
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Ya en 1536 se inicia la resistencia de Manco inca que es de la panaca de Huáscar y que fue respaldado por algunas de las panacas tanto Hurin como Hanan.
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En Mayo de 1536 se inició el levantamiento de Manco inca ante los abusos de los hermanos Pizarro, para ello convenció a Hernando Pizarro que lo deje viajar al valle de Yucay para traer una estatua de oro pero se trajo un poderoso ejército para enfrentarse a los españoles.
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En Agosto de 1536, el general Quisu Yupanqui, con 20 mil hombres, acampó cerca del cerro San Cristóbal, llegando a cercar Lima en espera de la llegada de los huancas que habían prometido su apoyo, sin embargo los traicionaron. El general inca ingresó solo con su ejército, desde el cerro San Cristóbal hasta la plaza mayor, donde se produjo el enfrentamiento. El general inca fue degollado, luego de su derrota.
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En 1537 llegó el mariscal Alvarado con refuerzos, además de la presencia de Almagro con un integrante de mitimaes Chachapoyas y Cañaris, lo cual obligó a Manco inca retirarse a Ollantaytambo y posteriormente a Vilcabamba.
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Tupac amaru fue ejecutado por los españoles