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El mercado fue llamado así después de se estableciera el monasterio de nuestra señora de la merced de la redención de los cautivos.
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El entonces presidente Porfirio Díaz inauguró el antiguo edificio de la Merced.
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El espacio de la merced era insuficiente así que se tuvo que ampliar y por esta razón fue inaugurado una segunda vez.
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El incendio lo origino un local de almacenamiento de fuegos artificiales. El saldo de muertos fue de 60 y 65 heridos.
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Este segundo incendio destruyo dos terceras partes de la entrada principal del mercado. 572 puestos fueron quemados.
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En este incendio no hubo muertos ni heridos, sin embargo, destruyó la mitad del interior de la nave principal.
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Esta vez el incendio dejo en cenizas a 400 locales y 16 personas intoxicadas.
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Este incendio se originó en la sección de semillas, dejó alrededor de 600 locales quemado y dos personas muertas.