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En los primeros años del siglo IX el obispo de Iria Flavia, Teodomiro, por indicación de un eremita llamado Pelagio, examina el mausoleo que reconoce como el del Apóstol Santiago, basándose en la tradición oral según la cual Santiago había predicado en el "finis terrae".
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El Sitio de Tenochtitlán, la capital del Imperio Azteca, fue llevado a cabo mediante la negociación entre los clanes locales y las divisiones anti-mexicas existentes y el conquistador español Hernán Cortés.
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En 1521 Alonso de Avalos llegó a esta zona por el rumbo de Mazamitla.
Los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz; una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522 dice que Don Alonso de Avalos fundó la ciudad de "Sayula como capital de la Provincia de Avalos". -
Llego Nuño Beltran y Cortes a conquistar
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En 1529 se inició el juicio de residencia contra Nuño beltran
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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Después de una deliberación con los vecinos y ante la negativa de Cristóbal de Oñate de establecerse en Tlacotán, deciden fundar la villa en Tonalá
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Guadalajara en un principio estuvo en la Mesa del Cerro (a la orilla de Nochistlán en la provincia del Teúl), hoy conocida como San Juan. La fundó el 5 de enero de 1532
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La fundación en Tlacotlán ocurrió en 1535. Desafortunadamente, en esta última colonización, los españoles llevaban una mala vida debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI.
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