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El Obispo de Panamá llega a las islas por las fuertes corrientes que lo llevaron ahí. Fue el descubridor oficial de las islas y también hizo el primer registro escrito de las islas.
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Las islas Galápagos aparecen por primera vez en un mapa en 1570. En donde Abraham Ortelius y Gerardus Mercator las llamaron las islas Insulae de los Galopegos.
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Los Piratas empiezan a saquear los convoyes y pueblos españoles en las costas de América del sur. Los ataques costeros comenzaron con Sir. Francis Drake en 1578. Siendo Galápagos un lugar estratégico para robar a los barcos españoles y esconderse en el archipiélago.
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Patrick Watkins, fue el primer colono o residente de las islas. En Floreana donde vivía de lo que cultivaba y de intercambios con los balleneros. Volvió al continente en 1809
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El científico Charles Darwin llega a Galápagos por el HMS Beagle. Y realizó observaciones en diferentes islas de las diferentes especies y características. Además, de recoger especímenes biológicos y geológicos para después crear la teoría de evolución por selección natural.
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El Progreso era una colonia que producía caña de azúcar, café y aceite de tortuga, en San Cristóbal. Hasta que en 1904 sus trabajadores se rebelaron y lo mataron.
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Estados Unidos arrienda las islas Galápagos al Ecuador por 99 años en 1911. Y en 1941 después del ataque Japonés en Pearl Harbor. La sexta Fuerza Aérea de EE.UU empieza a construir una base aérea en Baltra. Hasta que en 1946 Estados Unidos cierra la base.
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En 1944 se crea la colonia penal en Isabela y en 1946 llevan a los 94 primeros criminales. En 1958 los criminales se rebelan y causan el cierre de la prisión en 1959. En ese lugar permanece el Muro de las Lágrimas que construyeron los criminales
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El 15 de junio de 1959 el gobierno Ecuatoriano aprueba una ley, la que consiste en que todas las islas se vuelven un Parque Nacional. Excepto las partes que pertenecían a los colonos de ese entonces. Y también la prohibición de capturar especies como tortugas, iguanas, etc.
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El 23 de julio de 1959 es fundada la estación científica Charles Darwin en Galápagos. Y las primera actividades de la estación fueron de educación, especies invasoras y especies en peligro de extinción.