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El 20 de octubre de 1681 abre sus puertas la facultad de ciencias medicas, que al inicio únicamente era un bachillerato en medicina que duraba 4 años y siendo el primero en dar clases el bachiller de Sousa teniendo a su cargo dos discípulos . Luego de eso seguía los títulos de medicina y los doctorados.
El 15 de marzo de 1688, el Dr. Miguel Fernandez inicia la catedra prima siendo él el propietario -
el 20 de agosto de 1703 se gradúa el primer bachiller en medicina, siendo este Don Vicente Gonzales y luego logrando obtener su doctorado el 17 de septiembre de 1717
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Durante su periodo de estadía de la escuela de medicina en el edificio conocido hoy como MUSAC el 7 de noviembre de 1840 por decreto constitucional se constituye como Facultad de Ciencias Medicas, ahora constaba de 6 años, 4 de teoría y 2 de practicas hospitalarias.
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En 1870 se inaugura el colegio de San Vicente de Paul, luego fue expropiado y consolidado en el año de 1783 por Justo Rufino Barrios Quien allí funda la primera escuela normal pero el 13 de enero de 1880 este edificio es transferido a la escuela de medicina y farmacia de la USAC, y el 17 de octubre se inaugura como edificio universitario siendo el decano el Dr. Joaquín Yela teniendo 68 alumnos siendo la mayoría de origen centroamericano
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En 1894 se fundó a iniciativa del decano de la sociedad, lo que se conoce como "La Juventud Medica" para cultivar allí las ciencias universitarias
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Durante los años de 1917 y 1918 a causa de los terremotos y desastres naturales el edificio de la escuela de medicina queda muy dañado, lo que llevo al traslado de la escuela de medicina al convento de Santa Catrina de Martil que actualmente es el edificio del conservatorio nacional de música y la escuela permaneció allí durante los años de 1917 a 1921
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Durante los años de 1921-1931 la facultad toma la decisión de hacer un nuevo traslado a lo fue la calle de Belsaco conocida hoy como la 12 calle, la propiedad perteneció al Dr. José Arzubia
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Durante los años de 1922-1931 el antiguo edificio de la escuela de medicina fue demolido y reconstruido, este trabajo estuvo a cargo del Ing. José Alcaime H. Se crearon 4 edificios para el uso del estudiantado y la facultad de medicina regresa a estas nuevas instalaciones
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El 14 de enero de 1975 el edificio que albergo por 81 años a generaciones de estudiantes de medicina, farmacia y dental es destinado como sede del Centro Cultural Universitario, por acuerdo 9,163 lo que llevo al traslado de la facultad a la sede central ubicada en la zona 12 capitalina.
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Luego de permanecer durante 22 años en la sede central la facultad de medicina y la escuela de psicología son trasladadas a un nueva ubicación conocida actualmente como Centro Universitario Metropolitano ( CUM )
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Esta fue un momento muy decisivo para la Facultad de medicina ya que luego de varias quejas, los encapuchados de la facultad de medicina fueron echados del CUM y de mamera permanente fueron eliminados de esta facultad. luego de una asamblea en la cual se pidió el retiro de encapuchados en esta facultad