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La tradición versa que fue en 1533 cuando el pueblo fue fundado por los peninsulares, poniéndolo bajo la protección de Santa María de la Asunción, desapareciendo con ello el antiguo asentamiento prehispánico de idólatras costumbres.
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En 1813, todavía bajo el influjo de la corona española, conforma su régimen administrativo llamado ayuntamiento.
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Para 1824, le es otorgado el título de "ciudad", al tiempo en que intenta, fallidamente, separarse del naciente estado de Jalisco y formarse en territorio independiente de la nación.
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En 1997 sede de la competencia de la Copa Náutica de Jalisco.
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En 2005, por sus características ecológicas que ayudan a la conservación de la biodiversidad y de la vida humana, la Laguna de Zapotlán fue reconocida como sitio Ramsar.
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En el año 2007 comienza el crecimiento desmedido e incontrolado de producción de berries y otros cultivos de exportación en los invernaderos.
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2011, sede de los Juegos Panamericanos de remo y canotaje.
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2018, la laguna presenta un notorio crecimiento horizontal y no vertical, esto termina con cultivos que han permanecido por años alrededor y este crecimiento horizontal disminuye su capacidad de agua.
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- con el objetivo de promover el cuidado del principal atractivo turístico de la región, surge la intención de implementar un proyecto que a través de la sensibilización y concientización en centros educativos, colonias y hogares se promueva a corto, mediano o largo plazo el cuidado y preservación del espacio natural.