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Durante la guerra gotica Perugia, importante centro di collegamento tra la via Amerina e la via Flaminia, viene nominata prima città della Tuscia.
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2 anni prima l'imperatore Bizantino Giustiniano decide di riconquistare l'Italia e nel 537 le truppe Bizantine si scontrano con quelle Ostrogote nei pressi di Perugia.
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Con la morte dell'ultimo re Ostrogoto, Perugia, l'Umbria e l'Italia si ricongiungono all'Impero Romano d'Oriente (Impero Bizantino). La città resterà sotto il suo dominio fino al 700 , tranne due brevi periodi di occupazione da parte dei Longobardi sul finire del 500.
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Perugia e il suo territorio entrano nella sfera di influenza del papato, a sua volta vincolato in vario modo all'impero Carolingio.
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Molte città autonome si costituirono in comuni autonomi che furono ben presto dilaniati tra lotte e rivalità reciproche (particolarmente famosa quella tra Perugia e Assisi)
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La fioritura della città comunale si esprime con un boom demografico , con il diffondersi di mercati e fiere, con l'incremento degli scambi commerciali, con l'elaborazione di statuti e leggi locali e con impegnative architetture che cambiarono il volto della città, segnandolo per i secoli a venire.
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Tutta l'europa occidentale rifiorisce dal punto di vista economico, demografico e commerciale. L'Umbria, che si era mantenuta sempre viva anche nei periodi più bui, è coinvolta nell'ondata di sviluppo.
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In Umbria si formarono potenti comuni. I principali di essi furono Perugia, Assisi, Spoleto, Terni, Foligno, Todi, Orvieto, Gubbio e Città di Castello.
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Perugia era già retta da consoli e pienamente autonoma dal punto di vista amministrativo.
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I comuni per lungo tempo si combatterono tra loro per predominare l'uno sull'altro. In seguito, contesi tra l'Impero e lo Stato della Chiesa, i comuni dell'Umbria preferirono sottomettersi spontaneamente a quest'ultimo. Così, nel 1198, lo Stato della Chiesa potè estendere il suo dominio su tutta l'Umbria.
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Il Comune estende la sua sfera d'influenza su Assisi e Foligno e conosce un imponente sviluppo urbano che si protrarrà fino alla metà circa del Trecento. La città è amministrata all'epoca da un governo mercantile, esercitato dai Priori, eletti fra gli iscritti alle arti, e con sede nel Palazzo dei Priori.
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Viene istituita l'Università
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Viene redatto lo statuto volgare.
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Nonostante la peste nera e le sue vittime, Perugia dà ancora delle prove di forza quando sconfigge prima Bettona, distruggendola, e poi Siena e Cortona
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L'umbria è così frammentata in tanti comuni, travolta in una gara di effervescenza artistica e vitalità economica, ma unita da un'unica fortissima corrente spirituale, generata da movimenti religiosi.
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Perugia viene conquistata dagli Ostrogoti di Teodorico
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Totila, re degli Ostrogoti e re d'Italia dal 541 al 552, conquista la città ed uccide il vescovo Ercolano, responsabile di aver organizzato la resistenza e figura rappresentativa dell'intera città e che in seguito diventerà uno dei santi patroni di essa.
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Viene edificata dentro le mura urbiche la cattedrale di San Lorenzo
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Alcuni territori umbri furono organizzati dall'imperatore tedesco Ottone I in un'entità autonoma, le cosiddette Terre Arnolfe.
