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Verso la fine del XI secolo nascono i primi Comuni nell'Italia centro-settentrionale, formati dai borghesi e dalla Milizia cittadina.
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Nel 1155 Federico I di Svevia detto il Barbarossa sale al trono dell'Impero germanico e pone fine alla libertà dei Comuni lombardi.
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La prima università del mondo nacque a Bologna per volere di un gruppo di studenti di Diritto che non volevano più studiare a casa del loro maestro. Nel 1158 l'imperatore le concede libertà di insegnamento.
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Nel 1158 Federico Barbarossa convoca la Dieta di Roncaglia, in cui espone a quattordici Comuni italiani la lista di regalie, cioè di diritti del re, che i giuristi dell'Università di Bologna avevano tratto dal Codice di Giustiniano.
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Nel 1167 ventuno Comuni, appoggiati dal papa, formano la Lega lombarda, alla quale aderiscono attraverso il Giuramento di Pontida. Facevano parte alla Lega lombarda alcuni Comuni lombardi, veneti ed emiliani, Milano e i suoi nemici come Como, Lodi, Novara, Cremona. Venezia diede i soldi e le armi.
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Il 9 maggio 1176 le milizie lombarde sorprendono 2500 cavalieri di Federico Barbarossa e li affrontano nella battagli di Legnano, dove la Lega lombarda vince e Federico Barbarossa è costretto a chiedere la pace.
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Nel 1194, a Jesi, nasce Federico II, nipote di Federico Barbarossa.
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Nel 1198, all'età di quattro anni, Federico II perde sua madre, Costanza d'Altavilla; che gli lascia in eredità il Regno di Sicilia e diventando così orfano viene affidato a papa Innocenzo III.
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Nei primi anni del XIII la Milizia si mostra inefficiente, e tra le grandi famiglie ci sono rivalità insanabili. Per questo l'intero popolo decide di sostituire i consoli con un podestà.
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Nel 1208, quando Federico II aveva quattordici anni, il papa Innocenzo III combina per lui un matrimonio con la principessa Costanza d'Aragona.
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Federico II fonda, in Sicilia, il primo Stato che riesce ad abbattere la frammentazione feudale. I suoi principi sono fissati nelle Costituzioni di Melfi del 1231.
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Con l'aiuto dei Ghibellini, Federico II, nel 1237, sconfigge i Lombardi nella battaglia di Cortenuova, nei pressi di Bergamo.
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Verso la metà del XIII secolo i Comuni assumono una struttura democratica. In quel periodo alcuni Comuni cambiarono il nome in Repubblica.
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Federico II morì di dissenteria nel 1250. Con la sua morte finì l'Impero, inteso nel suo significato classico e medievale.
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Dopo la morte di Federico II il pontefice assegna il Regno di Sicilia a Carlo d'Angiò (Angioini), che nel 1266 viene in Italia e sconfigge e uccide Manfredi, figlio di Federico II, nella battaglia di Benevento.
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Con la rivolta dei Vespri siciliani, nel 1282, ebbero inizio le Guerre del Vespro.
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Nel 1300 le università in Europa erano circa venti.
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Il bacillo della peste viene attivato intorno all'anno 1300; la causa è il grande cambiamento climatico che c'è ctato in quegli anni e che interessa tutto l'emisfero nord; questo epoca viene chiamata infatti "piccola era glaciale".
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Con la Pace di Caltabellotta si conclusero le Guerre del Vespro e il Regno di Sicilia venne consegnato agli Aragonesi.
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Tra il 1315 e il 1317 la crisi agricola si intreccia con la crisi demografica e tocca il culmine con la carestia.
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Nel 1331 il bacillo arriva in Cina e decima la popolazione.
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Tra il 1340 e il 1350 c'è stata per una seconda crisi come quella del 1315.
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Passando lungo la Via della Seta, la peste, nel 1346 arriva sulle coste del Mar Nero, nella città di Caffa.
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Dopo essere andata a Costantinopoli, in Asia-minore, in Egitto e in Algeria la peste, nel 1347, arriva a Messina e a Marsiglia.
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Nel 1348, attraverso i commerci, la peste esplode anche in Europa mediterranea e centrale.
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In quattro anni, dal 1348 al1352, la peste ha ucciso un terzo della popolazione europea.
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Dagli inizi del 1348 alla fine del 1349 gli ebrei vengono flagellati e massacrati perché si pensa che diffondono apposta la peste.
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Nel 1349 una nave inglese si arena sulle coste della Norvegia; i norvegesi ci salgono e trovano tutti morti, è così che la peste arriva anche in Scandinavia.
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L'ondata più catastrofica di peste, del 1348, ha anche delle conseguenze positive; come l'innovazione tecnologica, la divisione dei patrimoni dei deceduti ai parenti, occupazione e la proprietà dei campi vuoti da parte delle famiglie sopravvissute e l'introduzione di nuovi apprendisti nelle corporazioni.
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Nel 1378, a Firenze, avviene una rivolta chiamata il tumulto dei Ciompi. I Ciompi erano i lavoratori che pettinavano la lana grezza, e avevano fatto una rivolta perché avevano salari molto bassi.
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Dopo la Pace di Caltabellotta l'Italia subisce dunque un'altra divisione: il Regno di Napoli cade sotto la dinastia dei degli Angioini, mentre il Regno di Sicilia va in mano agli Aragonesi. Nel 1442 gli Aragonesi conquistano anche il Regno di Napoli.