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Los españoles reconocían privilegios a los curacas aliados para utilizar sus tropas y recursos, prometieron libertad y autonomía a las etnias sometidas por el Tawantinsuyu y luego restablecer el orden, en nombre divino.
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Se convirtió intensamente luego de la ejecución de Atahualpa, enfrentándose a los invasores, a las panacas que estaban con Huáscar y etnias enemigas de los incas.
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Los españoles partieron al Cusco con apoyo de cientos de nativos nicagüenses, tallanes y esclavos negros. En las cercanías de Huánuco Viejo el ejército de Atahualpa atacó a la vanguardia española.
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Manco Inca se presentó ante Pizarro en Cusco. Los españoles vieron a Manco como su nuevo títere que los llevaría a la capital imperial. El 15 de noviembre los españoles ingresaron a la capital del Tahuantinsuyo. Lo primero que hicieron fue saquear el templo del Coricancha y flagelar a las mujeres.
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Como capital de la gobernación de Francisco Pizarro; pero por problemas de carácter económico, político y militar dejó de serlo; fue el valle del Rímac
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Pizarro y sus huestes se retiraron a la costa, donde fundaron Lima como capital, dejaron el Cusco a manos de los hermanos Pizarro, éstos saquearon la panaca de Manco, también tomaron a la fuerza a su esposa, la coya Mama Cora.
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Después de una sangrienta guerra contra los guerreros del curaca Tahulichusco, quien por su edad avanzada no gobernaba; fue Guachimano el encargado de gobernar el curacazgo de Lima.
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Ante los abusos de los hermanos Pizarro, convenció a Hernando Pizarro que lo deje viajar al valle de Yucay para traer una estatua de oro
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Las tropas incaicas rodearon el Cusco y tomaron Sacsayhuamán. Los combate fueron feroces, pues los conquistadores recibieron ayuda extra de los cañaris, chachapoyas y huancas
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Pizarro envió refuerzos, pero estos fueron emboscados. Manco Inca pasó al contraataque y envió a Quiso Yupanqui a atacar Lima. Ante el peligro la esposa de Pizarro solicitó ayuda a su madre, quién envió refuerzos
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Con refuerzos, además de la presencia de Almagro con un contingente de mitimaes, chachapoyanos y cañaris. Lo cual obligó a Manco Inca a retirarse a Ollantaytambo y luego a Vilcabamba
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Victoriosos en el Cusco, los conquistadores lanzaron un ataque contra Ollantaytambo, cuartel general de Manco Inca, las tropas incaica inundaron Yucay ara dificultar la acción de los caballos
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Fue el segundo inca de Vilcabamba, hijo de Manco Inca. Recibió la encomienda del fértil valle de Yucay, propiedades y una amnistía. Duró hasta 1558
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Hermano de Sayri Túpac, reinició la resistencia en Vilcabamba. Escribió una "Relación de la conquista del Perú" al rey Felipe II. Duró hasta 1571
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El virrey Francisco de Toledo envió un contingente español que logró tomar Vilcabamba y apresar al inca. Túpac Amaru fue juzgado y ejecutado en la Plaza Mayor de Cusco. Duró hasta 1572
