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Las tropas incaicas rodearon la ciudad de Cusco y tomaron Sacsayhuamán. Los combates fueron feroces, pues los conquistadores recibieron apoyo de los cañaris, chachapoyas y huancas. Estas fuerzas tomaron por asalto Sacsayhuamán. Murió Juan Pizarro y Cahuide.
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Francisco Pizarro envió refuerzos, pero estos fueron emboscados. Manco Inca pasó al contraataque y envió a Quiso Yupanqui atacar Lima. Ines Huaylas solicitó ayuda a su madre quien envió refuerzos. Con el apoyo de estos lograron derrotar a las fuerzas incaicas y matar a Quiso Yupanqui.
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Los conquistadores lanzaron un ataque contra Ollantaytambo. En esta ocación las tropas incaicas inundaron el valle de Yucay para dificultar la acción de los caballos y lograr el triunfo.
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Manco Inca intentó tomar el Cusco por segunda vez, pero sus esfuerzos se frustraron por un sorpresivo contraataque de las fuerzas hispanas
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Llegó aun acuerdo con el virrey por el cual aceptó salir de Vicabamba, convertirse al cristianismo y aceptar la autoridad del monarca castellano
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En 1566 llegó a un acuerdo por el cual aceptaba el bautizo y, a cambio, se le reconocia como inca con juridicción sobre Vilcabamba
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El virrey Francisco de Toledo envió un contingente español que logró tomar Vilcabamba y apresar al inca. Él fue juzgado y ejecutado en la plaza mayor de Cusco
