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Toma el nombre del BARRIO DE LA MERCED, fue nombrado así después de que se estableciera el Monasterio de Nuestra Señora de la Merced de la Redención de los Cautivos.
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Se decidió ubicar al mercado bajo un mismo techo y se construyeron los edificios en los terrenos del antiguo monasterio.
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Se construyeron los primeros edificios permanentes.
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La Merced fue el principal mercado de mayoreo y menudeo de la Ciudad de México, especialmente de productos alimenticios.
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Continuó siendo el mercado mayorista de la ciudad durante el período posterior a la Revolución Mexicana.
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Un incendio destruyó dos terceras partes de la sala principal del mercado, junto con 572 puestos de venta de zapatos, chiles secos, frutas, verduras y piñatas en la madrugada del 4 de mayo; no hubo muertos o heridos y se sospechó que la causa fue el cableado defectuoso.
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Un puesto que vendía fuegos artificiales, explotó en la Merced y murieron 61 personas.
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En la madrugada otro incendio destruyó más de 7,000 metros alrededor del 70% de la nave mayor; a pesar de que afectó a 2000 locales, solamente causó daños materiales. Días más tarde los peritos dictaminaron que el incendio se debió a un sobrecalentamiento originado por conexiones eléctricas irregulares.
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Por causas similares, se incendió de nuevo el mercado, esta vez quedaron destruidos alrededor de 400 puestos y 16 personas resultaron intoxicadas.
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El 24 de diciembre de 2019, a las 08:52 hrs se informaba de un leve incendio en la zona de Flores.