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El mercado existía antes de ser bautizado como "La merced", siendo este un centro de comercio hasta la llegada de los españoles.
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El mercado es nombrado como "La merced" gracias al monasterio de Nuestra Señora de la Merced de la Redención de los Cautivos en 1594
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En el siglo XIX, el famoso Circo Orrin, con el primer payaso mexicano, Ricardo Bell, de Pachuca, se instalaba regularmente cerca de este mercado.
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En la década de 1860, se decidió ubicar al mercado bajo un mismo techo y se construyeron los edificios en los terrenos del antiguo monasterio
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En 1863, se construyeron los primeros edificios permanentes.
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En principios siglo XX, la Merced fue el principal mercado al mayoreo y menudeo de la Ciudad de México
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Desde 1978 se han registrado casos de prostitución independiente así como asociadas a mafias de trata de personas, teniendo una repercusión en la popularidad del barrio y del mercado en general, cayendo en la categoría de <putero>, dichas actividades ilícitas se han visto ejecutadas incluso hasta estos inicios de año, 2020.
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En 1988, un puesto que vendía fuegos artificiales explotó en la Merced, y murieron 61 personas
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En 1998, un incendio destruyó dos terceras partes de la sala principal del mercado, junto con 572 puestos de venta de zapatos, chiles secos, frutas, verduras y piñatas en la madrugada del 4 de mayo
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La madrugada del 27 de febrero de 2013, otro incendio destruyó más de 7,000 metros
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El 25 de enero de 2014, por causas similares,16 se incendió de nuevo el mercado, esta vez quedaron destruidos alrededor de 400 puestos y 16 personas resultaron intoxicadas.
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El 24 de diciembre de 2019, a las 08:52 hrs20 se informaba de un leve incendio en la zona de Flores.
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1 de enero 2020 - Comericantes de la merced iniciaron remodelacion propia
