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La escolarización de los indígenas en escuelas publicas comienza a discutirse a finales del siglo XIX con la creación de colonias y/o reducciones indígenas.
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A partir de 1935 se establecen escuela en los ingenios azucareros.
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A partir de 1935 el ingenio San Martín del Tabacal establece una escuela para niños criollos e indígenas.
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En las décadas de los 40 y 50 existían escuelas primarias en las comunidades rurales que incentivaron la incorporación a la sociedad nacional, el abandono u oculta-miento de la lengua materna y la adaptación de nuevas practicas culturales.
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Es partir de los decenios de 1960 y 1970 que se funda el mayor número de establecimientos educativos en las provincias con una cantidad significativa de población indígena.
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A partir de la década de 1980, tiene una fuerte presencia de en el ámbito de la problemática indígena en general y el EIB en particular el Equipo Nacional de Pastoral Aborigen.
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Fue creada en 1984 como parte de la iglesia católica. Su finalidad es la evangelización y la promoción del reconocimiento de los pueblos indígenas. Junto con diferentes organizaciones y líderes indígenas, pusieron en la agenda política el reconocimiento legal de las comunidades y brindaron asesoramiento en la titulación de tierras y la capacidad de líderes.
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En 1985 se crean cuatro centro educativos de nivel medio con orientación docente en la provincia para comunidades autóctonas y sectores marginales.
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En 1990 se conforma un área de educación que “nuclea y capacita a los agentes de Pastoral que trabajan en EIB” (ENDEPA 1998). Con una orientación hacia la acción y una mayor reflexión y auto-crítica del rol de la institución en la conversión de los pueblos indígenas. Se organizaron talleres de capacitación y cursos de especialización.
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Desde 1993, las escuela con población escolar indígena comenzaron a recibir una atención localizada por parte de algunas áreas del Ministerio de Educación de la Nación.
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En 2004 se crea un Programa Nacional de Educación Bilingüe, llevó a que una de las tareas fundamentales del mismo fuera otorgamiento de becas para estudiantes indígenas de nivel medio.