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Durante la gubernatura de Diego Fernández de Velasco se plantea la conquista de las montañas, extensa región de bosques tropicales usada como refugio de mayas fugitivos
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Expedición militar al mano de Ambrosio de Argüello parte por mar con intención de conquistar las montañas, es sorprendida y derrotada por corsarios ingleses; se cancela.
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La segunda expedición parte por tierra desde Campeche. Los indígenas son advertidos por los franciscanos y huyen; la expedición decide no continuar y regresa.
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En agosto entra a la gubernatura Carlos de Luna y Arellano, quien apoya la conquista misional.
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Los franciscanos fundan conventos en Ichbalché, Tzuctok y Chacuitzil.
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Aparecen misiones en Texán, Petcah y Sacalum con mayas huidos.
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Los mayas son concentrados en Chunhaz por los religiosos, para ello son forzados a ir quemando sus casas y matando a sus animales; ante la falta de provisiones pasarían hambre.
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El gobernador ordena regresar a los mayas a sus antiguos asentamientos en respuesta a las acciones de los franciscanos.
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Vuelta a la vía militar, en marzo Francisco Mirones comanda una expedición con Fray Diego Delgado, 140 mayas y 20 españoles
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La expedición llega a la Pimienta en Mayo tras deserciones y complicaciones. Desde ahí se inició la labor religiosa de Diego Delgado.
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Tras capturas y sacrificios de españoles de la expedición de Mirones por los locales, los mayas se rebelan matando a Mirones y capturando a los españoles; posteriormente huyen al monte.
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El gobernador Antonio de Layseca ordena tres expediciones simultáneas a las montañas, las cuales tras incendiar, matar y capturar, regresan a la capital sin los resultados esperados.
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El capitán Juan del Castillo y Toledo comanda una expedición rumbo a Paliac, pero acamparon en Holpat y lo volvieron su centro de operaciones, desde donde sometieron a los indígenas vecinos y se construyó una iglesia.
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Entre marzo y abril se forman ocho pueblos cerca de Holpat; tras construirles iglesia, se les asigna un cacique y se evangeliza y matricula a la población.
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En Mayo Del Castillo y Toledo regresa a Mérida dejando una fortificación en medio de los pueblos creados. Este hecho supone el final de la segunda etapa de conquista de la península de Yucatán.