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Nació en Knoxville, Condado de Crawford, Georgia.
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A la edad de diecinueve años, obtuvo la licencia para ejercer la profesión de farmacéutico.
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Se casó con Ann Eliza Clifford Lewis, en Columbus (Georgia) y tuvieron un hijo, Charles Ney Pemberton,
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Fue herido en la batalla de Columbus, recibió un corte de sable en el pecho. El dolor le causó una adicción a la morfina, que usaba para calmar el malestar y los dolores. Buscando una cura para su adicción inventó una bebida que pudiera curarlo, y logró la Coca-Cola. Al principio la llamó Pemberton's French Wine Coca (Vino Francés de Coca de Pemberton).
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Agregó nueces de cola a una nueva bebida que había creado, esta vez sin alcohol pero con jarabe de azúcar. Consiguió dejar la morfina pero cayó en la adicción de esta bebida hecha de extractos de la hoja de coca. Cuando se descubrió el potencial adictivo de la sustancia, se sustituyó el contenido de coca por cafeína.
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Frank Robinson fue quien le dio el nombre y diseñó el logo y el trazo de la letra original.
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Falleció en Atlanta a los 57 años, en la pobreza, adicto a la morfina y víctima de un cáncer de estómago. Su cuerpo fue llevado a Georgia y enterrado en el cementerio de Linwood, en Columbus.
