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Queda bajo la tutela de su hermano Johann Christoph. Estudia en el Gimnasium de Ohrdruf. (No existe fecha exacta)
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Parte a Lüneburg para ingresar en el coro de la Ritterakademie.
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Es nombrado violinista en la orquesta de cámara del duque Johann Ernst de Weimar y organista de Arnstadt.
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Abandona su cargo de Arnstadt y se convierte en organista de la iglesia de San Blas de Mühlhausen. Se casa con su prima Maria Barbara, con la que tendría siete hijos. Inicia la composición de cantatas, entre las que destaca Actus tragicus, y compone sus primeras obras para órgano, entre ellas la Toccata y fuga en Re menor.
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Se establece en la corte de Weimar, donde desempeñará diversos cargos en la capilla palatina del duque regente Wilhelm Ernst. Compone numerosas cantatas.
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Estancia en Köthen como maestro de capilla del príncipe Leopold de Köthen, con quien establece una fructífera amistad. Compone los seis Conciertos de Brandemburgo, una primera versión de La pasión según San Juan, la primera parte de El clave bien temperado y otras piezas destacadas.
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Se casa en segundas nupcias con la cantante Anna Magdalena Wilcken, con la que tendría trece hijos.
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Se establece definitivamente en Leipzig, ciudad en la que es nombrado Kantor de la Thomasschule, cargo que ejercerá hasta su muerte. Compone el Magnificat en re bemol mayor.
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