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Nacio en Billa El Salvador Lima Pariente de los también futbolistas Roberto "La Foca" Farfán, Rafael "Focaza" Farfán (por lado paterno) y Luis "Cuto" Guadalupe (por lado materno) —quienes integraron alguna vez la selección nacional de futbol del Perú—, pasó una vida llena de sufrimientos pues su madre hizo hasta lo imposible para poder salir
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En 1999, fue vendido al Club Alianza Lima
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En 2001, jugó para la selección peruana en las categorías menores
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En junio del 2004, pasó al PSV Eindhoven por una cifra que ascendió a 1.8 millones de euros
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El 10 de junio de 2008, el Schalke 04 confirmó oficialmente el traslado. Farfán firmó por cuatro temporadas con el club alemán