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Comenzó el 11 de mayo de 1810 en Cartagena, y se extendió por todo el territorio.
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Cundinamarca adopto una constitución federalista. Tunja y Cartagena se declararon totalmente independientes. Estas diferencias hicieron que centralistas y federalistas se enfrentaran en una guerra civil.
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La batalla decisiva se dio contra el coronel Barreiro apostado en el Pantano de Vargas, cerca de Paipa, Boyacá.
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El 7 de agosto de 1819 se enfrentaron de nuevo los dos ejércitos en el Puente de Boyacá.