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Napoleón Bonaparte expulsa al Rey Fernando VII del trono español e instaura a su hermano José Bonaparte. Esto causa revueltas en España, situación que es aprovechada por los neogranadinos para redactar el Acta de Independencia en 1810.
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Escrito por el rosarista Camilo Torres Tenorio, el memorial de agravios era un documento mediante el cual los criollos de clase alta reclamaban a la corona española por su incipiente participación en los asuntos políticos de la Nueva Granada.
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Periodo de tiempo en el que debatió si la nueva república debería ser centralista o federalista. (Nombrado así por Antonio Nariño en su periódico La Bagatela)
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En este periodo tanto el rector como los colegiales de la universidad acuden al poder ejecutivo para tomar decisiones dentro del Claustro lo que enfatiza en el hecho de que la cabeza de este poder ejecutivo ha actuado siempre como patrono del Claustro. Adicionalmente, los colegiales ya elegían, en ese entonces, al rector.
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El Colegio Mayor se involucró directamente con este documento ya que el acta que se realizó en el cabildo de este día fue firmada por el rector del momento, Don Antonio Gallardo.
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A pesar de que se quería instaurar el sistema de gobierno sobre bases federales debido a que cada provincia tenía sus propios intereses y no todas estaban conectadas con la capital, se dicta en el Consejo Constituyente de Cundinamarca una Constitución monárquica, uno de cuyos redactores Jorge Tadeo Lozano y Peralta es electo Presidente.
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Las Cortes de Cádiz suprimen el virreinato en la Nueva Granada e instauran una nueva forma de gobierno, la Capitanía General. "El Rosario adopta con entusiasmo el nuevo orden político" (Mayorga, 2010, p. 59)
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Expulsados los franceses del territorio Español, el restaurado Fernando VII se encargó de liderar la reacción absolutista. Derogó la Constitución de Cadiz de 1812 y gobernó con el más duro absolutismo.
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A cargo del General español Pablo Morillo con el fin de someter las tierras de Venezuela y la Nueva Granada para que pasasen al mando de la corona española nuevamente.
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Desde la reconquista de Morillo, el Rosario adquirió un protagonismo dentro de la vida política colombiana, tras convertirse en puesto militar. La desilusión del pueblo neogranadino ante las luchas entre centralistas y federalistas, y luego de la patria boba (1810-1816) propició la restauración.
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Martín de Urdaneta comunicó a Burgos haber recibido órdenes verbales del general en jefe para que los fondos de ambos colegios de la capital (Colegio Mayor de San Bartolomé y Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario) entraran en la Tesorería General de la Real Hacienda. El rector debía presentarle una cuenta documentada de los bienes y rentas que compusieran los ingresos del Colegio.
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El Claustro del Colegio Mayor fue utilizado como centro de reclutamiento para "los procesados por infidencia al soberano." En dichos eventos sufre encierro Policarpa Salavarrieta. Luego, el General Pablo Morillo fusila a varios Rosaristas después de su encarcelamiento en las aulas del Claustro, entre ellos Francisco José de Caldas y Camilo Torres. Durante este periodo el archivo del Colegio se vio afectado ya que se fragmentó y los documentos pasaron a muchas manos distintas.
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Llegada de los ejércitos libertadores y el éxito militar de estos, que liberaron a Santafé de manera definitiva del dominio español.
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En un intento de reformar la educación universitaria en el país, el vicepresidente del momento, Francisco de Paula Santander funda esta Universidad pública. Muchos de los docentes del Colegio Mayor fueron enviados, por órdenes gubernamentales, a dar clases en esta nueva insitución.
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Durante el gobierno de Jose Ignacio Márquez se sancionó una ley que ordenaba suprimir los conventos de menos de 8 religiosos. Durante este periodo el Colegio Mayor de Nuestra del Rosario no pudo dictar sus clases debido a que fue convertido en cuartel militar. Esto afectó nuevamente al archivo histórico de la universidad, ya que muchos de sus documentos fueron descuidados por los ejércitos que ahora frecuentaban el Claustro.
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El gobierno de Mariano Ospina decide cerrar el Colegio Mayor y lo convierte nuevamente en un centro de reclutamiento.
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"Un congreso de plenipotenciarios de siete de los estados existentes suscribió en Bogotá un pacto de unión que dio al país el nombre de Estados Unidos de Colombia" (Mayorga, 2010, p. 177)
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"La Asamblea Legislativa del Estado Soberano de Cundinamarca expidió una ley referente a los colegios de San Bartolomé y del Rosario. (...) Con referencia al Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, el artículo cuarto de la Ley dispuso restablecerlo al estado legal que tenía el 18 de Julio de 1861, lo que equivalía a reconocer la independencia del Colegio y declarar que debía regirse por las intituciones que le había dejado su Fundador."
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Rafael Núñez, obrando como patrono del Colegio Mayor "dictó un decreto por el cuál se incorporaba "en la Universidad de Nacional de Colombia el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario"." (Mayorga, 2010, p. 304)
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Se promulga la nueva constitución de bases conservadoras y la nación adopta el nombre de República de Colombia
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Los liberales se alzaron en varias partes del país y empezaron a atacar pueblos y ciudades afectando así las labores del Rosario ya que el gobierno nacional de nuevo convierte el Claustro en un cuartel del ejército.
