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publicó los resultados de sus observaciones sobre tejidos vegetales, como el corcho, realizadas con un microscopio de 50 aumentos construido por él mismo.
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observó diversas células eucariotas (como protozoos y espermatozoides) y procariotas (bacterias).
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describió la presencia de «animáliculos» o «infusorios»; se trataba de organismos unicelulares.
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Theodor Schwann estudió la célula animal; junto con Matthias Schleiden postularon que las células son las unidades elementales en la formación de las plantas y animales, y que son la base fundamental del proceso vital.
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describió el núcleo celular.
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observó el citoplasma celular.
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postuló que todas las células provienen de otras células.
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Descubrieron la estructura del material genético presente en el núcleo de las células.
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identificó las mitocondrias.
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realizó multitud de estudios sobre el metabolismo de levaduras y sobre la asepsia.
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propuso que las características de las células se transmiten desde las células madres a las hijas.
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descubrió que las células actuales comparten similitud estructural y molecular con células de tiempos remotos.
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empleó un método de tinción con sales de plata para estudiar el tejido nervioso y demostró que la neurona es la unidad anatómica y funcional del sistema nervioso.
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construyó el primer microscopio electrónico de transmisión en la Universidad de Berlín. Cuatro años más tarde, obtuvo un poder de resolución doble a la del microscopio óptico.
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publica su hipótesis sobre la endosimbiosis serial, que explica el origen de la célula eucariota.