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El 28 de Septiembre de 1572 el Padre Pedro Sánchez junto con otros 15 padres jesuitas llegan a la Nueva España
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Hasta el 12 de Marzo de 1618 se da la licencia real para que la Compañía de Jesús se establezca en Querétaro
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Unos meses después, el 20 de agosto de 1625, se funda en Querétaro el Colegio de San Ignacio
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En 1680 el Colegio estuvo a punto de cerrar por falta de recursos, pero gracias a la intervención del benefactor queretano Don Juan Caballero y Osio, se reedificó el Colegio.
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Por decreto de Carlos III, en 1767, fueron expulsados los jesuitas de la Nueva España, siendo clausurados los Colegios
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Cinco años después, el 26 de septiembre de 1772, el Rey decretó la reapertura de los Colegios bajo su real patrocinio
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El Virrey Don José María de Bucareli designó rector al Lic. José Antonio de la Vía Santelices, reiniciándose las clases el 25 de febrero de 1778
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En 1821, los colegios quedaron desvinculados del real patrocinio, siendo considerados desde entonces como instituciones privadas y confirmadas por el Congreso del Estado
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El Congreso Constituyente le dio facultades el Gobierno del Estado para organizar los Colegios de San Ignacio
