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A principios del siglo XVI, los vecinos, el alcalde, regidores, diputados y oficiales reales, enviaron solicitudes al Virrey Marqués de Casa Fuerte y al Arzobispo Fray José de Laciego y Equilaz, a fin de ortargar licencia de construir un hospital de la orden Juanina.
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El hospital de la orden Juanina fue clausurado
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el hospital es donado por el Coronel Juan Crisóstomo Doria, esto para establecer en el lugar el Instituto Literario y Escuela de Artes y Oficios
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Se fundo bajo el nombre de Instituto Literario y Escuelas de Artes y Oficio, tenían bajo el lema de Amor, Orden y progreso, amor como medio, orden como base y Progreso como fin, esto para seguir la filosofía de el Dr. Gabino Barreda.
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En este año mediante el decreto 584, se suprime la Escuela de Artes y Oficios, se cambio a Instituto científico y literario
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El escudo fue creado por el Maestro Medardo Anaya Armas, este emblema como podemos ver cuenta con, El ala de un águila, la bandera nacional, la fachada del edificio, antorcha, podemos ver cosas relacionadas con las ciencias y literatura.
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en esta época cambia la estructura y denominación llamándose Instituto Científico y Literario Autónomo, constituido por las escuelas preparatorias, al igual que de medicina, Enfermería y Obstétrica
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Por decreto del congreso en esta fecha fue creada oficialmente la Universidad Autónoma del estado de Hidalgo