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  Inventor del microscopio compuesto, conformado por un tubo de 70cm de largo y 9cm de diámetro con una lente convexa en cada extremo.
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  Descubre la célula
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  Desmontó la hipótesis de la generación espontánea.
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  Descubrió "animalucos"
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  Sentó bases de la taxonomía moderno, creando un sistema de nomenclatura binominal.
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  Propuso que el aire portaba gérmenes al medio de cultivo.
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  Descubrió la vacuna de la viruela, además de desarrollar técnicas de vacunación
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  Demostró la gran barrera entre los reinos animal y vegetal. Acuñó el término "metabolismo".
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  Se le debe la técnica conocida como "Pasteurización"
 Refutó la teoría de la generación espontánea. Inventó la vacuna contra la rabia, hizo estudios sobre fermentación alcoholica y láctica e implementa procesos de esterilización.
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  Descubrió los antisépticos
 Desarrolló mediante calor la práctica quirúrgica de la asepsia y la antisepsia, mejorando notablemente la situación postoperatoria de los pacientes. Contribuyó a reducir en gran medida el número de muertes por infecciones contraídas en el quirófano después de que los pacientes fueran sometidos a intervenciones quirúrgicas.
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  Crea un taxón denominado "Moneres"
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  Primero en aislar microorganismos. Descubrió el bacilo de la tuberculosis. Considerado el fundador de la bacteriología.
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  Confirmó la "Teoría de Biogénesis"
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  Contribuyó a la "Teoría de la inmunidad de cadena lateral"
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  Surgimiento del agar-agar
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  Descubridor del proceso biológico de nitrificación.
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  Descubre el "Virus del Mosaico del Tabaco"
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  Desarrolla su método de tinción de bacterias.
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  Invención de la caja Petri
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  Reintrodujo el termino "Virus"
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  Descubre la "Penicilina"
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  Crecimiento de bacteriofagos.
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  Descubren que el DNA es material genetico
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  Aisló un polisacárido de Sporothrix, contribuyendo al diagnóstico y estudio inmunológico de esta micosis.
 Primer caso de paracoccidioidomicosis en México, demostrando que el agente causal penetra por inhalación.
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  Elaboración de vacuna tifo.
 Creador del medio de cultivo "La botella de Ruiz Castañeda"
 Creador de la vacuna en contra de la cólera.
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  Descubrieron la estructura molecular del DNA
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  Clasificación taxonómica, agregando Monera.
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  Identificación del primer rotavirus humano (HTVL)
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  Creó la nueva taxonomía molecular
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  Identificación del VIH
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  Descubrió un nuevo agente infeccioso: "El Prión"