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El 17 de diciembre de 1867, el Presidente Juárez nombró al Dr. Gabino Barreda como primer director de la ENP.
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El 3 de febrero de 1868, se inauguró el primer ciclo escolar de la Escuela Nacional Preparatoria con una matrícula de novecientos alumnos.
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En enero de 1870, se presentaron los primeros resultados en el ámbito nacional de la labor educativa de la Preparatoria.
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En febrero de 1871, se inician los cursos libres dominicales de física, química e historia natural, encaminados a la clase obrera.
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El 28 de noviembre de 1876 es nombrado por el Presidente Díaz, Secretario de Justicia e Instrucción Pública a un maestro de la ENP Ignacio Ramírez.
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El 10 de marzo de 1881 falleció el Dr. Gabino Barreda, sin ningún reconocimiento de las autoridades gubernamentales del país.
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En febrero de 1882, se inscribe e ingresa la primera mujer a la Escuela Nacional Preparatoria: Matilde Montoya.
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El 5 de abril de 1910, se inicia la discusión del proyecto de la Universidad, encabezado por Justo Sierra y Porfirio Parra.
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El 18 de septiembre inicia su vida académica la Universidad Nacional, con una ceremonia en "El Generlito", tomando como cimiento a la Escuela Nacional Preparatoria y a la Escuela de Altos Estudios, la cual sería dirigida por Porfirio Parra y, para sustituirlo como Director de la Preparatoria, se nombró al Dr. Manuel Flores.
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En 1922, es nombrado Director de la Escuela Nacional Preparatoria el Lic. Vicente Lombardo, quien realiza el "Primer Congreso de Escuela Preparatorias", que pretende establecer un plan de estudios para las Preparatorias que unifica la enseñanza media de la nación, con base en la doctrina socialista, ante las múltiples inconformidades de los estudiantes, es reformado por el Consejo Universitario.
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En 1928, se inicia en la Escuela Nacional Preparatoria la lucha por la autonomía universitaria, la cual se obtiene en 1929. En esa misma época, se establece el turno nocturno en la Escuela.
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El 13 de julio de 1929 fue designado Director de la Escuela Nacional Preparatoria el Dr. Pedro de Alba, cargo que ocupó hasta 1933.
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A partir de los años cincuenta, se crearon nuevos planteles, distribuidos en el área metropolitana. Los cuales recibieron nombres de maestros de la preparatoria tales como:
Plantel 1 "Gabino Barreda"
Plantel 2 "Erasmo Castellanos Quinto"
Plantel 3 "Justo Sierra"
Plantel 4 "Vidal Castañeda y Nájera"
Plantel 5 "José Vasconcelos"
Plantel 6 "Antonio Caso"
Plantel 7 "Ezequiel A. Chávez"
Plantel 8 "Miguel E. Shulz"
Plantel 9 "Pedro de Alba" -
Se presenta el conflicto del 68 que dejó secuelas de porrismo e inestabilidad política en la Universidad.
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En 1989, la Junta de Gobierno designó como Rector al Dr. José Sarukhán, quien realizó el Congreso Universitario en 1990.
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En 1992, aprobó el Consejo Técnico de la ENP, un nuevo plan de estudios presentado al Consejo Universitario, que nunca se presentó ante el pleno de éste, para su aprobación.
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En 1996, el Consejo Académico del Bachillerato aprobó los nuevos planes de estudios vigentes.