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El Lic. Enrique Colunga, Gobernador del Estado de Guanajuato funda en Celaya la Escuela Secundaria.Esta se ubicó en el antiguo Mesón de la Parra, en el número 37 de la calle de Hidalgo, donde ahora se encuentra la Escuela Primaria Urbana Estatal No. 4, "Morelos"
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Sus actividades iniciaron en enero de 1926 siendo su primer director el Dr. Francisco Paredes.
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En el año de 1933 la institución educativa establece la carrera de Contador Privado
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Se añadio la carrera de Enfermera partera en 1939
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En 1943 el Prof. Luis Morín Zavala inicia las gestiones para elevar la Escuela Secundaria a la categoría de Preparatoria.
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La Escuela Preparatoria de Celaya como tal inició sus actividades en febrero de 1945, siendo su primer director el Lic. Xavier Guerrero Rico, contando inicialmente con 40 alumnos. Inicialmente recibió el nombre de Instituto Celayense, mismo que cambió al poco tiempo por el de Escuela Preparatoria y Profesional de Celaya.
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En el año de 1953 el gobernador del Estado, Lic. José Aguilar y Maya destinó del erario público los recursos necesarios para la construcción de un nuevo edificio.Entre los benefactores de esta Casa de Estudios podemos nombrar: Lic. Enrique Colunga, Dr. Francisco Paredes, D. Agustín Arroyo, Lic. Vicente Martínez Borja, D. Ernesto S. Gallardo, D. Ernesto Hidalgo, D. Rodolfo Lozada, Ing. Raúl Nieto Gómez, Lic. Matías Hernández y el Lic. José Aguilar y Maya.
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Se inaguro el edificio el 13 de febrero de 1955
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En 2008 La escuela preparatoria de Celaya cambio su nombre a "Escuela de nivel medio superior de Celaya" a consecuencia de la reforma a ley orgánica de la Universidad de Guanajuato.