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El rey creo 3 nuevas gobernaciones en america del sur, decision que concedia a Diego de Almagro la gobernacion de Nueva Toledo y a Francisco Pizarro la de Nueva Castilla, la gobernacion de Cuzco fue reclamada por ambos lo cual causo un conflicto.
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El conflicto termino en la batalla de las Salinas con la ejecusion de Diego de Almagro.
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Diego de Almagro "El Mozo" (Hijo de Diego de Almago) se volvio el lider de los Almagristas el espero a el enviado por la corona Pedro Vaca de Castro para que restableciera el orden, pero habia sospecha de que Pizarro lo habia comprado asi que El Mozo lo mato, tras esto se autonombro gobernador, ofendiendo a la Corona.
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Pedro Vaca de Castro con ayuda de los Pizarristas derroto en la bartalla de Chupas a El Mozo, quien fue sentenciado a muerte.
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Las leyes nuevas fueron proclamadas por el rey Carlos I. Estas disponian la instalacion de la Audiencia de Lima como maximo organismo judicial del Perú, esta estaria presidida por un virrey el cual tendria poderes judiciales y administrativos
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La llegada del virrey del Peru Blasco Nuñez Vela y de los miembros de la Audiencia,convirtio este desengaño en odio ya que no aplico muy bien las leyes nuevas, por ello nombraron a Gonzalo Pizarro como Procurador general para que protestara contra la autoridad pero el Virrey en vez de dialogar sentencio a muerte a Pizarro, lo cual causo rebelin.
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La guerra le fue faborable a Gonzalo Pizarro, quien luego de tomar Lima derroto al virrey en Iñaquito, Blasco Nuñez Vela fue capturado y ejecutado.
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Antonio de Mendoza fue nombrado virrey, el hizo los mismo errores que el primero lo cual causo levantamientos, el mas significativo fue el de Francisco Hernandes Giron el cual causo su muerte en 1552.
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Giron prometio mejorar todo la situasion de los indigenasy se acuartelo en pachacamac luego fue a Ica donde vencio un ejercito realtras esto fue capturado y Luego ejecutado
