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La ciudad se fundo por primera vez en Nochitlan, por Cristóbal de Oñate, pero duro menos de un año en ese lugar cuando se decidió trasladar a un lugar con muchos mas recursos.
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La segunda fundación se hizo en Tohala, donde permanecería durante aproximadamente 2 años.
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La tercera fundación ocurrió en Tlacotan, pero los indígenas empezaron a atacar la regio el 28 de Septiembre de 1535, obligando a los españoles a buscar una nueva ubicación.
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Finalmente, 14 de Febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por ultima vez en el Valle de Atemac
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En 1560 Guadalajara se convierte en capital indiscutible del reino de Nueva Galicia, que dominaba hasta lo que hoy es San Francisco, California.
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Fray Pedro de Ayala quien fue el segundo obispo de la Nueva Galicia, colocó y bendijo la primera piedra de este bello templo
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Miguel Hidalgo entró a San Pedro el 25 de noviembre de 1810 y al día siguiente fue recibido de manera efusiva en Guadalajara.
El 6 de diciembre de 1810 Miguel Hidalgo abolió la esclavitud en Guadalajara
El 17 de enero de 1817 el ejército insurgente es derrotado a las afueras de Guadalajara en la batalla del Puente de Calderón.
La Nueva Galicia, hoy Jalisco, se adhirió al Plan de Iguala el 13 de junio de 1821. -
Guadalajara se convirtió en capital del Estado de Jalisco el 27 de mayo de 1824. En 1834 el Congreso jalisciense invita a los de Querétaro, Guanajuato, San Luis Potosí y Michoacán, a formar una coalición que defienda "la independencia, la libertad y la federación" ante los intentos centralistas de Santa Anna.
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El 13 de marzo de 1858, Guadalajara se convierte en sede del Poder Ejecutivo, al instalarse ahí, el presidente Juárez y su gabinete. El coronel Antonio Landa, a cargo de la guardia de honor presidencial, apresa al presidente y sus colaboradores. El general Anastasio Parrodi libera Guadalajara y al gabinete presidencial, que parte hacia Colima. El ejército conservador toma Guadalajara
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En 1863 las tropas francesas toman Lagos de Moreno en su camino a Aguascalientes. El 6 de enero de 1864, el ejército francés entra a Guadalajara. En 1866 el republicano Eulogio Parra vence a las tropas francesas en la Hacienda de la Coronilla, cerca de Santa Ana Acatlán. En 1867 el general Ramón Corona toma la ciudad de Guadalajara. Pedro Galván derrota a los franceses en Acatlán, lo que consolida el triunfo republicano. El Congreso de Jalisco restablece el orden constitucional.
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