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El origen geológico de la Isla de Santo Domingo se inició a finales de la era Secundaria y su evolución continúa hasta hoy en día.
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El período Cretáceo fue un proceso de emersión de la isla, comenzó debido al fenómeno de subducción de la placa norteamericana que se incrusta por debajo de la placa caribeña. Como consecuencia aparecen los primeros vestigios de la isla.
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Se formaron los demás sistemas montañosos de la isla.
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Comienzan a surgir los valles y llanuras, producto del permanente levantamiento de la isla.
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Los levantamientos provocaron la fusión de las islas originales al desaparecer por completo el canal marino que unía la bahía de Samaná con la bahía de Manzanillo, dando paso al valle del Cibao. Se evaporan las aguas de los antiguos lagos convirtiéndose en valles.