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El que lo invento fue Zacharias Janssen pero a los años siguientes Anton van Leeuwenhoek presenta un microscopio con mejor calidad, en 1665 Robert Hooke observó con un lente un delgado corte de corcho y notó que el material era poroso; contenía cavidades poco profundas a modo de celditas a las que llamó células y en el mismo año aparece en la obra de William Harvey sobre la circulación sanguínea al mirar al microscopio los capilares sanguíneos
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Este tipo de microscopio permite observar muestras con mejores resoluciones que las del microscopio óptico.
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August Köhler y Moritz von Rohr desarrollan el microscopio de luz ultravioleta.
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Leitz empieza a comercializar el primer microscopio binocular plenamente funcional desarrollado por Felix Jentzsch
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Ernst Ruska, junto con el ingeniero Max Knoll construye el primer prototipo del microscopio electrónico de transmisión
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Frits Zernike inventa el microscopio de contraste de fases que permite observar muestras biológicas transparentes. En 1953 recibe el premio Nobel de Física por este invento.
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Manfred von Ardenne inventa el microscopio electrónico de barrido.
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George Nomarski desarrolla la microscopía de contraste de interferencia diferencial. Esta técnica es ampliamente utilizada para observar muestras biológicas con vida.
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Marvin Minsky patenta el microscopio confocal.
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Gerd Binnig y Heinrich Rohrer inventan el microscopio de efecto túnel que permite observar superfícies a escalas atómicas. En 1986 recibieron el premio Nobel de Física junto con Ernst Ruska.
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La empresa Carl Zeiss empieza a comercializar el primer microscopio con focal láser de barrido.