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Los babilonios producían cerveza y vinos en tanques similares a un biorreactor.
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La producción comercial de ácido cítrico por medio de biorreactores en Pfizer en Estados unidos.
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Se utilizaron por primera vez fermentadores aeróbicos en Europa central para la producción de levadura comprimida, dicho fermentador consistía en un tanque con forma de cilindro con aire introducido en la base a través de tuberías.
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Se comenzó a producir la Penicilina por medio de la fermentación en Estados Unidos.
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En 1944, Beeze y Liebmann utilizaron el primer fermentador a gran escala, con una capacidad superior a 20 litros, para la producción de levadura.
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Primer fermentador piloto fue dirigido en la India por Hindustan Antibiotic Ltd.
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En 1978, los investigadores de Genentech aislaron el gen humano de la insulina y lo insertaron en E. coli, para después salir al mercado en 1982. Las condiciones en las que la se utilizó el biorreactor que fue utilizado para su producción, fue una clave importante para la producción de la insulina.
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Se logra el control de los biorreactores por lote alimentado.
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Hasta la década de 1990, los biorreactores en su mayoría se enfocaban en bacterias, pero todo cambió cuando se comenzaron a incluir cultivos de células de mamífero, tiempo después también las células de insectos y algas.
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Los investigadores desarrollaron un método más económico para producir la vacuna, utilizando un biorreactor de 30L, produciendo un millón de dosis de la vacuna.