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Fue inventado a fines del siglo XVI por el holandés Zacharías Jansen.
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En el siglo XVII el también holandés Anton van Leeuwenhoek construyó microscópios simples.
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Tambien en esa época un investigador inglés, Robert Hooke, construyó un microscopio de dos lentes llamado Compuesto.
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Durante el siglo XVIII, gracias a los avances tecnologicos, se realizaron diversas mejoras al microscopio. Se fabricaron soporte para sostener y mover el tubo del microscopio y se inventaron tecnicas para mejorar el aumento.
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En el siglo XX el desarrollo de los conocimientos científicos y tecnológicos permitió construir microscopios capaces de aumentar el tamaño y no utilizan luz. Estos son los microscopios electrónicos y con algunos es posible observar los átomos.