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Il Dictatus papae era un documento con il quale il papa si dichiarava superiore all'imperatore e a qualsiasi altra autorità. Di conseguenza il papa aveva il diritto di deporre l'imperatore scomunicandolo. Infatti la scomunica non aveva soltanto implicazioni religiose, ma anche politiche, in quanto i cristiani non erano più tenuti a obbedire a un non-cristiano. Il Dictatus pape esprimeva una visione politica ispirata alla teocrazia (governo di Dio).
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Nel 1122 venne stabilito il Concordato di Worms. Questo accordo stabiliva un principio generale: la nomina dei vescovi spettava al papa; una volta nominati, i vescovi potevano ricevere dall'imperatore incarichi politici. In Germania l'investitura laica avrebbe preceduto quella religiosa, mentre in Italia e nelle altre regioni dell'Impero, la procedura sarebbe stata invertita: prima la consacrazione a vescovo e poi gli incarichi politici.
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Le crociate non raggiunsero gli esiti sperati anche a causa della debolezza dell'Impero e di conseguenza i Comuni approfittarono della situazione per avere una maggiore autonomia. per questo motivo Federico I di Svevia scese in Italia per riappropriarsi delle regalie e rase al suolo Crema e Milano. il papato si schierò contro l'Impero e appoggiò i Comuni.
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Il papato di Innocenzo III iniziò nel contesto di una nuova crisi imperiale causata dall'idea di creare un vasto impero accerchiando lo Stato della Chiesa. Innocenzo III si ispirava molto al pontificato di Gregorio VII , infatti in una lettera chiarì una metafora: "il potere temporale deriva da quello spirituale come la luna riceve la luce dal sole". Innocenzo III nominò imperatore Federico II di Svevia facendosi promettere di non unificare il Regno di Sicilia con l'Impero.
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Bonifacio VIII espresse immediatamente il proposito di riprendere il progetto teocratico di Innocenzo III rivendicando la pienezza del potere, cioè la piena autorità del pontefice su qualsiasi altro potere, sia nelle cose spirituali che in quelle temporali.
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Dopo la morte di Bonifacio VIII venne eletto Clemente V, un vescovo francese. La sede papale fu trasferita ad Avignone nel sud della Francia. Iniziò così un lungo periodo di lunga assenza del papato da Roma, una fase che durò 70 anni definita cattività avignonese. Durante questo arco temporale succedettero 7 papi tutti francesi. In questo periodo il papato aveva raggiunto il punto più basso della sua storia.
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Nella prima metà del Cinquecento si verificò in Europa la rottura dell'unità religiosa cristiana. Le sue origini vanno ricercate nella crisi che affliggeva da secoli le istituzioni ecclesiastiche; infatti nel contempo il ruolo sempre più politico del papato favorì la compravendita delle cariche e la vendita delle indulgenze. Ma sin dal X secolo sorsero movimenti che volevano contrastare questa decadenza della Chiesa come ad esempio con Gregorio VII
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Nel 1517 Martin Lutero afferma che la Chiesa non può cancellare i peccati e che, quindi, le indulgenze non hanno alcun valore. Lutero di conseguenza forma una nuova Chiesa detta luterana che darà poi origine a nuove Chiese riformate.
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Nel 1526 Francesco primo (sovrano francese) si impegnò a costruire una vasta coalizione antiasburgica. A questa lega oltre alla Francia aderirono Clemente VII (il papa), Firenze, Venezia.
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Nel 1527 l'esercito di Carlo V scese in Italia per punire il papa a causa dell'alleanza antiasburgica e saccheggiò la città.
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Nel 1545 venne indetto da papa Paolo III un Concilio che sarebbe dovuto servire per ricucire lo "strappo" tra cattolici e protestanti. Lo scopo per cui era nato è dunque fallito, ma il Concilio continuò comunque il suo scopo per cercare di contrastare la Riforma protestante. Nacque così la Controriforma.
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La pace di Augusta fu la conclusione della guerra di religione causata dall'intervento di Carlo V per porre fine alla Riforma. Questa pace stabilì che i principi erano liberi di professare la religione cattolica o protestante mentre i sudditi dovevano professare la stessa religione del loro sovrano altrimenti sarebbero stati obbligati a emigrare.
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La tensione tra protestanti e cattolici sfociò nella notte di San Bartolomeo quando centinaia di ugonotti furono massacrati dai cattolici. Questo fu l'inizio di una vera e propria guerra civile in Francia. I Guisa (cattolici) cercavano l'appoggio di Filippo II re di Spagna mentre i protestanti quello dei principi luterani tedeschi.
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Per assicurare alla Francia la pace religiosa, nel 1598 Enrico IV emanò l'editto di Nantes con cui riconobbe agli ugonotti (protestanti) la libertà di culto e l'uguaglianza di diritti politici.