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La batalla por Tenochtitlan duró 93 días, durante los cuales los mexicas resistieron con gran valor y más de una vez estuvieron a punto de obligar a los españoles y sus aliados a retirars pero Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlan en manos de los españoles.
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En 1521 Alonso de Avalos llegó a esta zona por el rumbo de Mazamitla. Los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz; una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522 dice que Don Alonso de Avalos fundó la Provincia de Avalos (Sayula, Jalisco).
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Se inició el proceso contra él. La Corona española resolvió enjuiciarlo y envió al licenciado Diego Pérez de la Torre para investigarlo, quien lo encontró gravemente responsable, le quitó el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España, donde murió encarcelado en el Castillo de Torrejón de Velasco en marzo de 1558.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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La expedición a cargo de Nuño Beltrán partió de la ciudad de México por el rumbo de Toluca e Ixtlahuaca hasta Tzintzuntzan (Michoacán).
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La primera fundación de Guadalajara sucedió en 1532 en Nochistlán.
Llegan los españoles, comandados por Nuño Beltrán de Guzmán. Sus tropas estuvieron 22 días, tomando a Nochistlán. Su fundación se remonta a 1532, por lo que se considera la segunda cabecera municipal más antigua del estado de Zacatecas, por detrás de García de la Cadena. -
La segunda fundación de Guadalajara se hizo en Tonalá
Tonalá fue fundada por indígenas zapotecas, quienes con el tiempo se mezclaron con otras tribus, entre ellas los toltecas que lograron imponer sus costumbres, religión y técnicas militares, entre otras cosas. También llegaron a la región tribus nahualtecas. Los habitantes de la zona hablaban el coca y el tecuexe. -
La tercera fundación de Guadalajara ocurrió en 1535 en la región de Tlacotán.
Corría el año de 1533 cuando, por órdenes del conquistador español Nuño Beltrán de Guzmán, lo que hoy es la Perla Tapatía se trasladó desde la zona de Tonalá a Tlacotán. Fue aquí, donde la entonces villa se asentó de 1535 a 1540. Sin embargo, debido a la guerra con los caxcanes fue desplazada al Valle de Atemajac, dejando en Tlacotán ruinas de lo fue la tercera Guadalajara. -
Fue una rebelión indígena en contra de la invasión y opresión española, en la provincia de Nueva Galicia, y se originó por los abusos cometidos por la expedición del conquistador Nuño de Guzmán, las congregaciones en las que eran reunidos los indios y la explotación a la que eran sometidos mediante el sistema de la encomienda.
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En 1540 el capitán Cristóbal de Oñate traslada la ciudad al Valle de Coatlan donde la funda definitivamente, siendo sede de la Real Audiencia establecida por orden del emperador Carlos V del 13 de febrero de 1548 y sede del Obispado fundado por la bula Super Speculam Militantis Ecclesiae de Su Santidad Paulo III, expedida el viernes 13 de julio de 1548.
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Finalmente, el 14 de febrero de 1542, la ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios.
Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, se calcula que la población inicial de la ciudad fue de aproximadamente 300 habitantes. -
El 14 de febrero de 1542 se funda Guadalajara en su lugar definitivo. A pesar de que hubo varios intentos previos de fundar la ciudad, esta es la fecha en la que se asentó en el lugar definitivo. Antes de la llegada de los españoles los principales grupos indígenas de Jalisco, fueron los coanos, cocas, cazcanes y texcueces.