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El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles. A partir de esta fecha inicia el periodo de la historia de México conocido conocida como la colonia que dura tres siglos de 1521 a 1821.
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el 22 de diciembre de 1522 dice que Don Alonso de Avalos fundó la ciudad de "Sayula como capital de la Provincia de Avalos". Pasó luego a ser dependencia de la Nueva Galicia, sujetándose a Compostela en 1549 y a Guadalajara en 1580.
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el 24 de mayo de 1527 llega Nuño Beltrán a Tzintzuntzan. Inmediatamente a su llegada, Guzmán comenzó a implementar una serie de medidas de reorganización, esto con el fin de limitar las medidas y el poder de Hernán Cortés.
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En. 1529, cuando Nuño Beltrán de Guzmán (Presidente de la Real Audiencia de México), se entero de que Cortes regresaba fortalecido de España decidió reunir un grupo de españoles e indios y emprender una expedición de conquista hacia las tierras del noroeste.
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En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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La Guerra del Mixtón fue una rebelión indígena en contra de la invasión y opresión española, en la provincia de Nueva Galicia, en los actuales estados de Jalisco, Zacatecas, Nayarit, Aguascalientes y Colima, el punto más álgido del conflicto se dio entre 1541 y 1542, sin embargo la rebelión inició en 1539
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El martes 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez. Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, el desleal marqués Nuño de Guzmán, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac
