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Guadalajara tuvo cuatro asentamientos antes de establecerse en su sitio actual, en un principio estuvo en Nochistlán en el paraje conocido como la Mesa del Cerro, hoy conocida como San Juan. La fundó el 5 de enero de 1532 Cristóbal de Oñate, quien al efecto había sido comisionado por Nuño de Guzmán.
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Ante la orden de Juan de Oñate quien fue comisionado por su padre alcalde de la nueva villa, se ordenó que la fundación se realizara en las proximidades de Tonalá.
Así, para el día 8 de agosto de 1533, Guadalajara se encontraba en su segundo asiento.