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Nació en Sherewsbury, fue el segundo hijo varón de Robert Waring Darwin, un prestigioso médico de la época.
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Darwin ingresó en la Universidad de Edimburgo para estudiar medicina por decisión de su padre, aunque no consiguió interesarse por la carrera.
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Tras dejar medicina, su padre le ofreció ser clérigo y comenzó su formación clásica en el Christ's College de Cambridge.
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Se profundizó en la geología y realizó una expedición al norte de Gales.
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Darwin tiene la oportunidad de embarcarse como naturalista en esta expedición. Zarpan de Davenport para completar el estudio topográfico de los territorios de la Patagonia y la Tierra del Fuego, el trazado de las costas de Chile, Perú y algunas islas del Pacífico y la realización de una cadena de medidas cronométricas alrededor del mundo.
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Su primera parada son las Islas Canarias (Tenerife), luego llegan a Sudamérica (pasando por: Río de Janeiro, Buenos Aires, Patagonia, Tierra de Fuego, Chiloé, Los Andes, Lima e Islas Galápagos), luego a Oceanía (Nueva Zelanda y Australia) y por último África (Mauricio, Sudáfrica y las Islas de cabo verde).
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Comienza la redacción de su viaje y publica Viaje de un naturalista alrededor del mundo en el H.M.S Beagle. (Contrae matrimonio)
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Presentación conjunta, ante la Linnear Society, de la teoría de la selección de Darwin y de A. R. Wallace. (Conoce a un escritor Alfred Russel Wallace que coincide con sus teorías.)
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Finalmente acaba publicando su obra más importante, marcando con ella la historia de la biología. Llegando a cambiar las ideas de aquella época y también llegar a una conclusión que actualmente se basa de su idea. Además crea gran controversia.
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Publica sobre la intervención de los insectos en la fecundación de las orquídeas. Unos años antes (1860 emergen fuertes críticas hacia la obra de Darwin).
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Publica su última obra antes de su muerte. Publica The Descent of Man and Selection in Realtion to Sex (La descendencia humana y la selección sexual).
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Se realiza una de las primeras traducciones de su obra al castellano, el origen de las especies.
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Darwin empieza a tener problemas cardiacos. Publica su última obra antes de su muerte, la influencia de las lombrices en la formación de la tierra vegetal.
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Muere en Down, por un ataque al corazón.