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En 1939 se inicia la creación del Departamento de Marina Nacional.
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Se establece el se Departamento de Marina Nacional, se eleva a Secretaria del Estado, creandose la Secretaria de Marina.
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Se expidió el Reglamento de la ya Secretaria de Marina, se formaliza el establecimiento de la Subsecretaria Marina, de la Oficialia Mayor de Marinay de la Dirección General de la Armada.
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Se expidió la Ley Orgánica de la Armada, creandose un órgano especifico para atender los retiros y pensiones.
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Se eleva el rango de Dirección y tendrá a su cargo el estudio, trámite y resolución de los asuntos relacionados con las prestaciones que establece la Ley del Instituto de Seguridad Social para las Fuerzas Armadas Mexicanas.
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El titular de marina expide el Manual de Organización de la siguiente forma: Dirección, Subdirección, Asesorías Técnicas, Oficinas de Relaciones Públicas, Inspecciones de Seguridad Social, Departamento de Servicios Administrativos Economicos de Inversión y Sociales.
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La creación del patronato de Asistencia Social, la Estructura Orgánica de la Dirección se ve modificada, ya que las funciones encontradas al Departamento de Inversiones se les transfiere a dicho patronato.
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Por acuerdo del Secretario de Marina, se crea la Coordinación General de Recursos Humanos de Seguridad Social, ambas dependientes de la jefatura de Operación Naval.
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Se modifica la Estructura Orgánica básica de la Secretaria, ya no se contempla la Jefatura de Navales ni las Coordinaciones Generales.
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Entra en vigor la nueva Ley Orgánica que regirá en la Secretaria de Marina, estableciendo que el Estado Mayor de la Armada coordinara a la Dirección de Seguridad Social.
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La Liquidación del Organismo desentralizado, la mayor de sus funciones que desarrollaba pasan a ser responsabilidad de la Dirección General de Seguridad Social y se resestructura.
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Sufre nuevamente un cambio estructural, se le denomina actualmete Dirección General Adjunta de Seguridad y Bienestar Social.