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Manco Inca observó que solo un pequeño número de españoles ocupaba el Cuzco El inca reunió a su ejército que superaba los 10 mil hombres, cercaron el Cuzco, incendiaron tejados y cortaron las fuentes de abastecimiento de la ciudad. Link: https://www.youtube.com/watch?v=L_5tyDMTBRE
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Enterado de lo que sucedía, Francisco Pizarro envió refuerzos, pero estos fueron emboscados. Manco Inca envió a Quiso Yupanqui a atacar Lima. Inés huaylas (esposa de Pizarro) solicitó ayuda a su madre y así lograron derrotar a las fuerzas incaicas y matar a Quiso.
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La resistencia andina se dio como contrapunto a la invasión española. Los habitantes del Tahuantinsuyo y la élite incaica desarrollaron diversas formas de actuación frente a la invasión española. La negociación, las alianzas, las luchas armadas y la resistencia pacífica fueron los medios a través de los cuales la población indígena reaccionó ante la presencia extranjera. Link: https://www.youtube.com/watch?v=f1ZK47xb8Ck
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Manco Inca, hijo de Huayna Cápac y Mama Runtu, recibió a Pizarro cuando este llegó al Cusco, la capital inca. Los españoles lo vieron como un aliado y colaborador, pero su comportamiento debe ser entendido como un medio para establecer la supremacía del sector de la élite incaica que él representa.
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Tras las sucesivas derrotas y el retorno de Almagro impulsaron a que Manco Inca se retirara hacia Victos, este lugar fue saqueado, pero Manco Inca se refugio en la fortaleza de Vilcabamba, donde daría el mando a sus hijos.
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Victoriosos en el Cusco, los conquistadores lanzaron un ataque contra Ollantaytambo, las tropas incaicas inundaron el valle de Yucay para dificultar la acción de los caballos y lograr el triunfo.
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Manco Inca intentó tomar el Cusco nuevamente, sin embargo, una partida de caballería española se encontró por casualidad con el ejército inca, arruinando el factor sorpresa. Esa misma noche los españoles lanzaron un ataque a gran escala, infligiendo severas pérdidas a los incas.
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Los Incas de Vilcabamba son aquellos Incas que brindaron resistencia al asedio español en la zona de Vilcabamba. Durante cuarenta años estuvieron Manco Inca y sus sucesores refugiados en Vilcabamba gozando de prestigio religioso. Link: https://www.youtube.com/watch?v=LRTBlZ7oYWU
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En 1548 el pacificador La Gasca y más tarde, el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, entre los años 1550 y 1556, intentaron que los incas abandonaran su refugio. Pero solo lograron hasta 1558 un pacto con los incas. Murió aparentemente envenenado por los españoles.
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El gobernador Lope Garcia de Castro intentó que el inca se rindiera y diera fin a su rebeldía. Reinició la resistencia en Vilcabamba, llegó a un acuerdo llamado la Capitulación de Acobamba(1566) por el cual aceptaba el bautizo y a cambio él recibió el reconocimiento como inca.
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Túpac Amaru tuvo que resistir las fuerzas del virrey y estuvo recluido en Sacsayhuamán y luego en Colcampata. Toledo mandó que el juez Gabriel Loarte dictaminara la sentencia en contra del Inca y cinco miembros de la élite, bajo los cargos de tiranía y traición al Rey de España. Fue ejecutado en la Plaza Mayor de Cusco.
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En 1571, Titu Kusi Yupanqui muere, aparentemente siendo envenenado por los frailes españoles, siendo ajusticiados por la gente de Titu Kusi. El fraile Diego Ortiz fue martirizado con crueles tormentos luego fue degollado con el resto de los frailes.