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Nacio en 25 de Abril del 1952 en la ciudad de Bogota, sus padres eran inmigrantes lituanos, su padre era Alfonsas Mockus y su madre Nijole Sivickas
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Se graduó de bachiller con honores en el Liceo Francés de Bogotá en 1969.
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Estudió matemáticas y filosofía en la localidad de Dijon, Francia en 1972.
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Desde 1975 es profesor e investigador de la Universidad Nacional de Colombia, en donde se desempeñó también como vicerrector (1988 a 1991) y luego como rector (1991 a 1993).
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llegó a la Alcaldía de Bogotá para el periodo 1995-1997, con la mayor votación en la historia de la ciudad (cerca de medio millón de votos).
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se caso con Adriana Cordoba
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candidato a la Presidencia y a la vicepresidencia de la República.
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desarrolló el proyecto de construcción de un indicador para medir convivencia, uno de los dos únicos proyectos aprobados por Colciencias en ese periodo, como proyectos científicos en convivencia en el país.
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fundó el Partido Visionario orientado a la construcción de movilidad social zanahoria, respeto y amor a la vida, uso sagrado de los recursos públicos y transformación del modelo clientelista para reproducirse políticamente.
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se convirtió en el primer alcalde reelegido para gobernar Bogotá entre 2001 y 2003, con la promesa de aumentar impuestos para lograr justicia social.
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Doctorado Honoris Causa en Filosofía de la Universidad de París XIII
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En el primer semestre del 2005 estuvo como investigador invitado en la Universidad de Oxford, adscrito al Nuffield College, uno de los centros de investigación más reconocidos del mundo en ciencias políticas, economía y sociología.
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se lanza a la candidatura presidencial para el periodo 2006-2010.