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Nació el 12 de febrero de 1809, en Shrewsbury, Reino Unido, su abuelo era Erasmus Darwin que hablaba de la evolución de las especies.
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En octubre de 1825 ingresó a la Universidad de Edimburgo para estudiar medicina por decisión de su padre.
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No le agrado mucho la medicina,así que su padre le propuso seguir una carrera eclesiástica.
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Empezó su viaje en el Beagle fue a distintos lugares y recopilo información sobre las especies, regreso después de 5 años en 1836
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Trabajó en la redacción de su diario del viaje publicado en 1839 y en la elaboración de dos textos que presentaban sus observaciones geológicas y zoológicas.
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A los 30 años se caso con su prima Emma Wedgwood y tienen un hijo.
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A comienzos de 1856, Charles Lyell dijo a Darwin que trabajara en el desarrollo de sus ideas de la evolución de las especies, así emprendió la redacción de una obra.
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En el verano de 1858 recibió un articulo que contenía una exposición de la teoría de la evolución por selección natural, que coincidía sus puntos de vista, era obra de Alfred Russel Wallace.
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En «trece meses y diez días de duro trabajo quedó redactado el libro sobre el origen de las especies por medio de la selección natural, los primeros 1.250 ejemplares se vendieron el mismo día de su aparición, el 24 de noviembre de 1859.
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El 30 de junio de 1860, el obispo Samuel Wilberforce, ridiculizó las tesis evolucionistas, provocando una réplica del zoólogo Thomas Henry Huxley, que fue defensor ante la oposición religiosa de las tesis de Darwin, ganándose el sobrenombre de su bulldog.
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A finales de 1881 empezó a tener graves problemas cardíacos y falleció por un ataque al corazón el 19 de abril de 1882.