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El 22 de abril 1519 los soldados fundaron como Villa Rica de la Vera Cruz un asentamiento de chozas de palma que se convirtió en el primer ayuntamiento de América continental. Una vez constituido el cabildo se extinguió la autoridad de Velázquez sobre los ex-expedicionarios ahora colonos. Cortés renunció a su cargo de capitán general de la expedición y resultó electo para el mismo cargo pero por las autoridades del nuevo cabildo. Acerca del lugar de la fundación, Cortés no aclara dónde fue.
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El 14 de julio de 1523 el emperador Carlos V le otorgó mediante Real Cédula su escudo de armas a Veracruz.
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En septiembre de 1568 los piratas ingleses John Hawkins y Francis Drake ocuparon San Juan de Ulúa, pero poco después fue recuperado por la Armada Española tras una fulminante Batalla de San Juan de Ulúa.
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En 1599 el virrey Gaspar de Zúñiga y Acevedo ordenó el traslado del asentamiento a su enclave original, la franja de arenales frente al islote San Juan de Ulúa. Al Puerto de Veracruz le fue acondicionado un muelle y dos años después fue posible atracar barcos y seguir utilizando de fondeadero y protección a San Juan de Ulúa.
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En 1608 se construyeron la casa de cabildo (hoy palacio municipal) y el convento de Nuestra Señora de la Merced, al tiempo que se continuaba la fortificación de San Juan de Ulúa y se iniciaba la obra del Hospital de nuestra Señora de Loreto.
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En 1640 se fundó la armada de Barlovento para defender el litoral de los piratas.
