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Nace en la parroquia de Azpeitia, Guipúzcoa donde vivía su familia, perteneciente a la nobleza del señorío de Vizcaya.
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Es educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo.
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Como soldado del virrey de Navarra, es herido en ambas piernas mientras resguarda el castillo de Pamplona. A lo largo de su convalecencia, toma la decisión de consagrar su vida a Dios.
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Retirado a una vida de oración, meditación y penitencia, redacta, en una cueva de Manresa, ejercicios espirituales. Junto al río Cardoner concibe la idea de hacer un instituto religioso.
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Estudia latín en la Universidad de Barcelona.
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Estudia lógica en Alcalá de Henares. Comienza a impartir ejercicios espirituales, actividad por la cual es considerado sospechoso de alumbramiento, procesado y condenado a no predicar durante tres años.
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Se traslada a Salamanca, donde de nuevo es procesado por alumbramiento.
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El día 15 de agosto, Ignacio y otros colegas realizan en Montmartre votos de indigencia, castidad y vida apostólica.
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Es organizado sacerdote en Venecia, ciudad a la que había marchado dos años antes para terminar sus estudios de teología. Marcha a Roma, ciudad en la que vivirá hasta su fallecimiento.
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Es elegido superior general de la Compañía de Jesús.
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Redacta las Constituciones de la Compañía de Jesús.
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Fallece.
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Es beatificado por el papa Pablo V.
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Es canonizado por el papa Gregorio XV.