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Nació en la Casa torre Likona, en la parroquia de Azpeitia, Guipúzcoa. Aquí vivía su familia, perteneciente a la nobleza del señorío de Vizcaya.
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Fue educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo desde 1506 hasta sus 26 años. En este tiempo aprendió el dominio de las armas siguiendo las tradiciones familiares.
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Su breve carrera militar terminó cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona contra los franceses. Con el objetivo de distraerse durante la convalecencia, pidió algunos libros de caballería pero lo único que encontró fue una historia de Cristo y un volumen de vidas de santos.
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Se le presentó la Virgen María con su hijo y desde entonces se propuso servirle a Dios. Se retira de militar, para iniciar la penitencia y oración en el Monasterio de Montserrat y Manresa, donde empezó la elaboración de los Ejercicios Espirituales. En esta etapa vivió en una cueva en donde meditó y ayunó
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Ignacio por fin partió en peregrinación a los Santos Lugares de Palestina.
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De regreso a España comenzó a estudiar en la Universidad de Barcelona latín para poder afrontar mejor su proyecto de apostolado.
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Pasó a la Universidad de Alcalá a estudiar lógica, física y teología. Comienza difundiendo el método de los ejercicios espirituales que le hicieron sospechoso de heterodoxia. Además de estudiar, instruía a los niños, organizaba reuniones de personas espirituales en el hospicio y convertía a numerosos pecadores.
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Fue acusado ante el vicario general del obispo, quien le tuvo prisionero durante 42 días, además fue procesado en Castilla, y se le condena a no predicar durante tres años. Tuvo que interrumpir sus estudios.
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En Salamanca fue acusado por segunda vez, consideraba la prisión y los sufrimientos como pruebas que Dios le mandaba para purificarse y santificarse. Cuando recuperó la libertad, volvió abandonar España e impartió el viaje a París para estudiar.
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Se dedicó a perfeccionar el latín por su propia cuenta y adopta la forma latina de su nombre, Iñigo.
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Reunió a Francisco Javier, Pedro Fabro, Alfonso Salmerón, Diego Laínez, Nicolás de Bobadilla y Simão Rodrigues, a los que comunicó sus ideas y con los que sembró el interés de Jesús, e hicieron juntos votos de pobreza y apostolado en Montmartre.
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1535- Logra el título de magister en filosofía.
1537- Es nombrado sacerdote en Venecia, termina sus estudios de teología y se marcha a Roma donde ofreció sus servicios al papa Pablo III. Durante el viaje a Roma, mientras oraba en la capilla de "La Storta", el Señor se le apareció a Ignacio, rodeado por un halo de luz inefable, pero cargado con una pesada cruz. -
Ignacio se dedicó a predicar los Ejercicios y a catequizar al pueblo. El papa Pablo III aprobó la Compañía de Jesús, emitida el 27 de septiembre.
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1541- Ignacio fue elegido superior general de la nueva orden. Empezó a ejercerlo el día de Pascua.
Envió a sus compañeros como misioneros por Europa para crear escuelas, universidades y seminarios.
1548- Redacta las Constituciones de la Compañía de Jesús y se publican sus Ejercicios Espirituales. -
1551- Funda el Colegio Romano.
1552- Funda el Colegio Germánico. -
Murió el 31 de julio de 1556 en su celda de la sede de los Jesuitas en Roma, como consecuencia de una larga enfermedad ligada a la vesícula.