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Francisco nació en Asís, Italia en 1181 ó 1182. Su padre era comerciante y su madre pertenecía a una familia noble. Tenían una situación económica muy desahogada. Su padre pactaba muchos negocios en Francia, por lo que estaba fuera del país cuando él nació. La gente apodó al niño “Francesco” (el francés) aunque éste había recibido en su bautismo el nombre de “Juan”.
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En 1208 durante una misa, escuchó un llamado que le decía que saliera al mundo y siguiendo el texto de Mateo 10, 5-14, “no poseyera nada, pero hiciera el bien en todas las partes”. Cuando regresó a Asís ese mismo año, empezó a predicar, provocando la renovación de la espiritualidad cristiana del siglo XIII. Reunió 12 discípulos que se convirtieron en los primeros hermanos de su orden, más tarde denominada la primera orden, donde fue elegido como superior.
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En 1212 recibió a una mujer noble de Asís llamada Clara, en la comunidad franciscana; a través de ella se estableció la orden de las damas pobres (las clarisas, mas tarde la segunda orden franciscana). En 1212 emprende camino a Tierra Santa, pero una tempestad le obligó regresar, sumado a otras dificultades que le impidieron cumplir gran parte de la labor misionera en España para evangelizar a los musulmanes.
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En 1219 se encontraba en Egipto, donde pudo predicar, aunque no logró convertir al sultán.
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Viajo después a Tierra Santa permaneciendo allí hasta el año 1220. Quería ser martirizado y se alegró por la muerte de cinco hermanos franciscanos en Marruecos mientras cumplían sus obligaciones con El Señor. A su regreso encontró oposición entre los frailes y renunció al cargo de superior.
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En septiembre de 1224 tras cuarenta días de ayuno rezando en el monte Alverno sintió un dolor mezclado con placer mientras las marcas de la crucifixión de cristo y los estigmas aparecieron en su cuerpo. Fue llevado a Asís, donde pasó los años que le quedaban marcado por el dolor físico y una ceguera casi total.
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Francisco de Asís falleció el 3 de octubre de 1226 cerca de la capilla de Porciúncula y fue sepultado en San Giorgio.
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Fue canonizado el 16 de julio de 1228 por el Papa Gregorio IX. Sus restos se encuentran en la Basílica de San Francisco en Asís.
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En 1980 el papa Juan Pablo II le proclamó patrón de los ecologistas. Sus emblemas son el lobo, el cordero, los peces, los pájaros y los estigmas. Su festividad se celebra el 4 de octubre.